@MASTERSTHESIS{ 2021:1982534316,
 	title = {Pipeline para a análise in silico de genes diferencialmente expressos durante o desenvolvimento de abelhas apis mellifera – o caso do knock-down da esterase do hormônio juvenil},
 	year = {2021},
 	url = "https://bdtd.unifal-mg.edu.br:8443/handle/tede/2020",
 	abstract = "Diante do grande aumento da disponibilidade de dados de sequenciamento de
 ácidos nucléicos, uma área interdisciplinar chamada bioinformática tem contribuído
 muito para as pesquisas em análise computacional de sequências de DNA, RNA e
 proteínas. A bioinformática tornou mais ágil a análise de RNA para identificação da
 expressão diferencial, possibilitando a criação de pipelines cada vez mais eficientes.
 Em abelhas Apis mellifera, a determinação de castas começa com a alimentação
 diferencial no terceiro instar (fase do desenvolvimento) larval. As larvas fêmeas
 destinadas a se tornarem rainhas são alimentadas com geléia real e as operárias
 recebem uma proporção menor de geléia real misturada com mel e pólen. Essa
 dieta ativa diferentes respostas endócrinas nas castas, resultando no estímulo de
 vias distintas de expressão gênica que culmina no desenvolvimento de rainhas e
 operárias. Uma das respostas endócrinas moduladas pela alimentação diferencial
 são os títulos de hormônio juvenil (HJ) que são mais altos nas larvas destinadas a se
 tornarem rainhas. As diferenças nos títulos de HJ entre rainhas e operárias são
 reguladas tanto pelo nível de síntese deste hormônio nos corpora allata, quanto pela
 sua degradação mediada pela esterase do hormônio juvenil (JHE). Com o objetivo
 de determinar os mecanismos moleculares dependentes de jhe direta e
 indiretamente no desenvolvimento larval, membros de nosso grupo de pesquisa
 realizaram ensaios funcionais em operárias de A. mellifera. Os experimentos
 consistiram no silenciamento do gene jhe por RNA de interferência no estágio larval
 L2. Foram coletadas amostras de RNAs de indivíduos tratados (dsRNA-jhe) e
 controles (naïve) no 5º instar larval e sequenciadas. Os arquivos contendo as
 sequências foram disponibilizadas. O objetivo de nosso trabalho foi desenvolver um
 pipeline de análise in silico para a identificação de genes diferencialmente expressos
 entre as abelhas controle e as abelhas tratadas com dsRNA-jhe. Para isto,
 primeiramente, usamos o programa FASTQC para determinar a qualidade das
 reads, que apresentaram altos valores phred score. As sequências de adaptadores
 identificadas pelo FASTQC e as reads com comprimento menor que 10 nt foram
 removidas usando o programa CUTADAPT. Em seguida, as bibliotecas foram
 mapeadas no genoma da A. mellifera com a ferramenta BWA. As bibliotecas
 apresentaram um mapeamento em torno 85% das reads gerando como saída
 arquivos no formato SAM. Posteriormente, estes arquivos foram convertidos em
 BAM usando o programa SAMTOOLS, os quais foram utilizados pelo programa
 CUFFLINKS para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDEs).
 Foram encontrados 458 GDEs, sendo destes 151 menos expressos e 307 genes
 mais expressos nas abelhas tratadas (dsRNA-jhe) em relação às abelhas controle.
 Os resultados revelaram genes que respondem ao aumento nos títulos endógenos
 de HJ em resposta ao silenciamento da jhe durante o desenvolvimento larval de A.
 mellifera. Estes resultados se assemelham aos resultados obtidos pela aplicação
 tópica de HJ em larvas de operárias, previamente publicados por nosso grupo de
 pesquisa. Além disto, os resultados demonstram a viabilidade do pipeline
 desenvolvido para a análise da expressão gênica diferencial em sistemas biológicos.",
 	publisher = {Universidade Federal de Alfenas},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Biociências Aplicada à Saúde},
 	note = {Instituto de Ciências Biomédicas}
}